2023年，全省在長江、太湖、淮河三大流域148個淡水水生生物監測點開展淡水水生生物監測。

底棲動物 共監測到318種，主要優勢種為梨形環棱螺和水絲蚓屬某種，生物多樣性指數均值為2.69，多樣性級別為“良好”。

著生藻類 共監測到385種，主要優勢種為舟形藻屬某種和菱形藻屬某種，生物多樣性指數均值為3.44，多樣性級別為“優秀”。

浮游植物 共監測到179種，主要優勢種為假魚腥藻屬某種和微囊藻屬某種，生物多樣性指數均值為3.24，多樣性級別為“優秀”。

浮游動物 共監測到后生浮游動物93種，主要優勢種為象鼻溞屬某種和針簇多肢輪蟲，生物多樣性指數均值為3.11，多樣性級別為“優秀”。

依據中國環境監測總站制定的水生態環境質量綜合評價方法，長江流域和淮河流域水生態環境質量穩中向好，保持在“良好”水平；太湖流域水生態環境質量明顯改善，由“中等”改善為“良好”水平。13個設區市中南京市、蘇州市、鎮江市、南通市、連云港市、泰州市、無錫市、鹽城市、徐州市、淮安市和揚州市水生態環境質量處于“良好”水平，其他均處于“中等”水平。

2023年，對全省13個設區市的主要飲用水水源地與環境空氣開展微生物監測。主要飲用水水源地水質微生物達標率為96.1%。64個空氣微生物測點中，細菌含量評價為“清潔”的測點比例為89.1%；霉菌含量評價為“清潔”的測點比例為89.1%。